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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
08/01/2014 |
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Data da última atualização: |
08/01/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
YUYAMA, P. M.; POT, D.; DEREEPER, A.; POINTET, S.; SILVA, J. B. G. D. da; SERA, G. H.; SERA, T.; CHARMETANT, P.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. |
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Afiliação: |
PRISCILA MARY YUYAMA, CAPES; DAVID POT, CIRAD; ALEXIS DEREEPER, IRD; STÉPHANIE POINTET, CIRAD; JOÃO BATISTA GONÇALVES DIAS DA SILVA, COCARI; GUSTAVO HIROSHI SERA, IAPAR; TUMORU SERA, IAPAR; PIERRE CHARMETANT, CIRAD; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR; THIERRY LEROY, CIRAD; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
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Título: |
Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Os marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação. MenosOs marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriorme... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Etiópia; SNPs. |
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Thesagro: |
Coffea arabica; Polimorfismo. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94857/1/Identificacao-de-polimorfismos.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
27/01/2011 |
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Data da última atualização: |
30/03/2023 |
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Autoria: |
FERNANDES, F. L.; PICANÇO, M. C.; CHEDIAK, M.; FERNANDES, M. E. S.; RAMOS, R. S.; MOREIRA, S. de S. |
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Afiliação: |
Flávio Lemes Fernandes, Universidade Federal de Viçosa (UFV); Marcelo Coutinho Picanço, UFV, Departamento de Biologia Animal; Mateus Chediak, UFV, Departamento de Biologia Animal; Maria Elisa Sena Fernandes, UFV, Departamento de Biologia Geral; Rodrigo Soares Ramos, UFV, Departamento de Biologia Animal; Suzana de Sá Moreira, UFV, Departamento de Biologia Animal. |
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Título: |
A low-cost trap for Cerambycidae monitoring in forest plantations in Brazil. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 45, n. 9, p. 1044-1047, set. 2010 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Notas Científicas.
Título em português: Armadilha de baixo custo para monitoramento de Cerambycidae em plantações florestais no Brasil. |
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Conteúdo: |
The objective of this work was to evaluate the use of a low-cost trap to capture Cerambycidae in different seasons in planted forests in Brazil. Thirty polyethylene-terephthalate trap bottles per hectare were used, disposed at every 50 m. The traps were red painted and contained glass flasks with a mixture of ethanol, methanol and benzaldehyde. There were soap and water at the trap bottom. The traps were checked biweekly for beetle presence. Sampling time required one minute per sample, and traps were easy to use. Total sampling cost, including materials and labor, was US$ 13.46 per sample. Six Cerambycidae species were captured along the dry and rainy seasons. |
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Palavras-Chave: |
Broca de madeira; Custo de amostragem; Manejo integrado de pragas; Monitoramento de pragas; Sampling cost; Wood borer. |
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Thesaurus NAL: |
integrated pest management; pest monitoring. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/105674/1/A-low8209cost.pdf
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Marc: |
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520 $aThe objective of this work was to evaluate the use of a low-cost trap to capture Cerambycidae in different seasons in planted forests in Brazil. Thirty polyethylene-terephthalate trap bottles per hectare were used, disposed at every 50 m. The traps were red painted and contained glass flasks with a mixture of ethanol, methanol and benzaldehyde. There were soap and water at the trap bottom. The traps were checked biweekly for beetle presence. Sampling time required one minute per sample, and traps were easy to use. Total sampling cost, including materials and labor, was US$ 13.46 per sample. Six Cerambycidae species were captured along the dry and rainy seasons.
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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